TÜSİAD’ da, Bilgi Toplumu ve Yeni Teknolojiler Bölüm Sorumlusu olarak, 10 yıl boyunca Kalite Yönetimi, Teknoloji, Girişimcilik, eTürkiye, inovasyon çalışmalarını  yönetti.  2006 yılında TÜBİSAD Genel Sekreterliğine atanan Bağdatlı, Derneğin,  bilgi ve iletişim teknolojileri sektörünün sağlıklı gelişimini ve Türk ekonomisine katkılarını artırmak üzere teknolojik gelişmeler, sektör  standartların oluşturulması, eğitim ve istihdam, yerel katma değer üretimi, çevre ve sürdürülebilirlik  konularında çalışmalarını yönetmektedir.